Сюжет аниме разворачивается через три года после событий первого сериала. Новое поколение Избранных детей — Дайскэ Мотомия и Вимон, Мияко Иноуэ и Хоукмон, Иори Хида и Армадимон, Такэру Такаиси и Патамон, Хикари Ягами и Тейлмон — призваны, чтобы снова спасти Цифровой мир от различных злодеев, в частности Императора дигимонов (его настоящее имя — Кэн Итидзёдзи, в дальнейшем он присоедняется к Избранным детям вместе со своим товарищем Ворммоном) и Белиал Вамдемона. События Digimon Adventure 02 разворачиваются в той же вселенной, что и в первом сериале, и содержит схожие сюжетные элементы.